Già con la progettazione secentesca del Fontana nel 1689, si concepisce la possibilità di creare una cripta praticabile. Sfortunatamente le complicazioni emerse in corso d’opera, impediscono tale proposito. Il programma di recupero dell’ingegner Elia Fornoni (1874-1925), svolto sotto l’episcopato di Giacomo Maria Radini Tedeschi (inizi del ‘900) intende risolvere problemi sorti nella pavimentazione della Cattedrale. Ma i lavori portano alla scoperta di un ambiente sotterraneo. Di questo evento non rimangono che alcune informazioni lasciateci dallo stesso Fornoni, in occasione della Conferenza stampa del 21 aprile 1906. L’ingegnere descrive erroneamente il posizionamento dei resti venuti alla luce, pensando che questi siano relativi alla parte esterna della Chiesa antica. Tuttavia questo primo ambiente viene ricoperto.

Finalmente un secondo spazio, praticabile, dedicato alla sepoltura dei vescovi bergamaschi, viene promosso nel 1979 dal Vescovo di Bergamo Giulio Oggioni. Questo ambiente sotterraneo è corrispondente all’area del presbiterio. L’accesso alla cripta avviene tramite doppia scala. Gli scavi, effettuati tra luglio 1979 e gennaio 1980, sono diretti dall’architetto Bruno Cassinelli, per ciò che riguarda la riqualificazione e da Luigi Pagnoni (come documenta il Giornale dei Lavori). Anche in questa seconda fase molti ruderi di antiche strutture, tombe e ossari vengono alla luce. Emergono altre preesistenze architettoniche della vecchia San Vincenzo. Purtroppo l’antica pavimentazione è stata rimossa e dei molti resti rinvenuti non rimane che qualche reperto e foto scattata prima della nuova costruzione. Al Cassinelli spetta il merito di aver disposto al meglio i sepolcri vescovili, adottando una soluzione a triclinio che segue l’andamento dell’altare. La mensa cilindrica bene si inserisce al centro dell’abside, dalla quale emerge con tutta la sua forza redentrice il “Cristo Risorto” dello scultore Pietro Brolis (1975). Espressività e intensa indagine dei sentimenti, purezza delle forme, fanno di Brolis uno dei più fecondi artisti di questi anni. La croce è dono della moglie dello scultore, morto nel 1978.