Nel braccio sinistro del transetto è protagonista indiscusso lo splendido altare dedicato alla Vergine della Pietà. La prima committenza risulta al 1701, anno in cui fu collocata una statua lignea raffigurante l’Addolorata dal canonico Sigismondo Tomini.
La realizzazione completa dell’intera struttura richiederà alcuni anni di lavoro. Il progetto è attribuito dai resoconti al canonico Marco Alessandri, il quale elabora l’imponente struttura rivestita da marmi pregiatissimi.
L’architettura concava è caratterizzata da un fondo in marmo nero, da colonne tortili corinzie in Verde Varallo tra le quali spicca, in marmo Portovenere, la nicchia contenente la “Statua della Vergine”, circondata da un prezioso intaglio ligneo dorato. L’autore di quest’ultimo apparato è Giovan Battista Caniana. Mentre la decorazione spetta senza dubbio alla bottega del Fantoni, a partire dal 1709, anno in cui vengono realizzate le sette lastre in marmo di Carrara collocate alla base dell’altare. Esse rappresentano i “Sette dolori di Maria” narrati dai Vangeli: la Fuga in Egitto, la Profezia di Simeone, lo Smarrimento di Gesù fanciullo, la Salita al Calvario, la Crocifissione, la Deposizione dalla Croce, il Seppellimento di Gesù. Sempre del Fantoni, i “due angeli reggicorona al primo ordine in alto. Al contrario non possono attribuirsi allo stesso le due sculture del secondo ordine raffiguranti “Ester” e “Giuditta”, sia per la diversità del marmo, che per lo stile estraneo a quello fantoniano. Più corretto riconoscerle allo scultore Andrea Ferretti il quale realizza anche i “puttini” sopra la nicchia della Madonna. Altresì degno di nota il “Tabernacolo” posto sopra l’altare la cui portella è decorata dalla scena veterotestamentaria di “Sansone che raccoglie miele dalle fauci del leone abbattuto”. La ricchezza della decorazione prosegue anche nel basamento, nel quale è stata inserita una piccola tela di Nicola Bambini (1651-1736) raffigurante “San Lorenzo Giustiniani” a ricordo del primo titolo posseduto dall’altare. A conclusione del complesso la statua di “Cristo morto” in basso. La balaustra che racchiude questa zona del transetto, merita apprezzamento per la finezza del suo disegno e lo straordinario effetto cromatico reso dall’unione dei vari marmi in assoluta sintonia con quelli del pavimento.